国民革命军出师北伐后，短短三个月，就以秋风扫落叶之势击败曾经不可一世的吴佩孚，攻占湖南、湖北两省。这使孙传芳感到震惊，从而改变了原来的中立态度。1926年8月底，他突然派重兵从江西向湖南及湖北的北伐军侧翼进攻，企图切断北伐军的后路，并解武昌之围。随着战局的变化，9月初，国民革命军第二军、第三军、第六军和第一军第一师等部队均转向江西作战，连克赣州、铜鼓、修水、萍乡等地，于9月中旬攻占南昌。孙传芳利用南浔铁路运兵的有利条件，迅速调集主力反扑。蒋介石的嫡系第一军第一师不听从命令，师长王柏龄贪生怕死，率先从南昌逃跑，加上各军间缺乏配合，致使占领南昌的第六军遭受重大损失，第一师几乎全部覆灭，南昌再次落入敌手。

中共中央为江西战事的失利向加伦提出：“此时北伐战略，宜集中全力对付赣北孙军精锐(卢、谢二师)所在；分兵四面应战，定是失策”，建议加伦“切劝蒋、唐各捐成见，速速调集四、八各军精锐，并力破赣孙军”[2]。

10月中旬，北伐军再次攻打南昌，又遭受重大损失，被迫撤围。这时，蒋介石不得不接受中共中央和加伦的建议，改变作战计划，将第四军的一部分调到江西，加上已入赣的第七军，使北伐军实力大增。11月初，北伐军集中兵力向南浔路一带发动猛烈攻势，经过激烈战斗，消灭孙传芳部主力。11月上旬相继占领南昌、九江，这才完全扭转了江西战局。

北伐军还有另一路部队，就是留驻粤、闽边境的第一军第三师和第十四师。它们在北伐开始时对孙传芳在福建的部队取守势。10月，这两个师经与敌战斗占领永定、松口。由于北伐胜利大势的影响，孙传芳在福建的部队纷纷倒戈。北伐军于12月上旬不战而下福州。至此，孙传芳的势力遭到重大打击。

国民革命军在江西、福建战场取得胜利后，奉系、直鲁联军及孙传芳残部又组织所谓“安国军”，在长江两岸继续与国民革命军对抗。北伐军遂制定夺取浙、沪，会师南京的计划，并首先开辟浙江战场。由于浙军两个师于12月先后起义，1927年2月中旬北伐军进入杭州，下旬平定浙江全省。与此同时，程潜率江右军、李宗仁率江左军分别从江西向安徽进军，开辟苏、皖、沪战场，于3月下旬相继占领安庆、南京等地；东路军前敌总指挥白崇禧率部开进上海。至此，长江以南地区完全为北伐军占领。

北伐战争是国共两党共同进行的一场革命的、正义的战争。在北伐过程中，国共两党之间虽存在矛盾，但基本上是团结的，能够集中力量对敌。北伐军将士英勇奋战，以鲜血和生命换来了北伐战争的辉煌战果。在10个月的时间里，北伐军从广州打到武汉、上海、南京，打垮了吴佩孚、孙传芳两大军阀，歼敌数十万人。北洋军阀的反动统治面临崩溃。

北伐的胜利进军，并未能扼制革命阵营的危机。身为国民革命军总司令的蒋介石，因北伐的胜利提高了个人声望，并通过收编军阀部队等手段，使其实力在北伐过程中极大地膨胀起来。这就为他后来发动反革命政变准备了条件。